Biyoenformatik Ama Nasıl?
[TR] Biyoinformatikle ilgili nerden başlasam derdine çözüm sunmak için sadeleştirilmiş kaynak listesi. İlk olarak şurada paylaştım. [ENG] Beginner friendly bioinformatics resources.
Merhabalar,
Yakın zamanda benden istenen tavsiye için kısaca derlediğim kaynakları paylaşacağım.
Biyoinformatiğin veyahut yeni bir alana geçmenin en büyük sıkıntısı, nerden başlayacağını bilmemek olabilir. Özellikle çok fazla kaynak oluşmuşsa, bunu düşünürken bile insan yoruluyor.
2022'de med&omics için bir kaynak listesi (beginner friendly resources pdf) hazırlamıştım; bu iyi bir fikir verebilir.
Bunlar genişletilebilir olmakla birlikte, alana yeni girenden daha ileri analizlerle uğraşanlara dek herkese ayrı ayrı hitap eden YouTube kanalları ve biraz karıştırınca onların github sayfası ya da websitelerine de ulaşmak mümkün:
* chatomics (Tommy’nin yönlendirici videoları var.)
* bioinformagician
* SIB
Bunlara ek olarak, Harvard Chan Bioinformatics Core sayfalarını da beğeniyorum.
Bilkent MBG lisansında MATLAB, Java (şimdilerde ikisi birlikte kapsamlı Python olarak değiştirildi) ve R eğitimi sağlandığı için kodlama konusunda sıfırdan başlamamıştık. Kodlama temelini öğrenip hemen sonrasında Unix/Linux ortamında çalışmaya (Command Line Tools, Ubuntu LTS, servers, clouds) aşina olmakta fayda var.
Kendim hala az tecrübeli olsam da versiyon kontrol için Git ve tutmak için GitHub kullanımı da yavaş yavaş inşa etmek gerekiyor. Yaptığınız ufak tefek tekrarlama projeleri yükleyerek bile başlayabilirsiniz. Bir sonraki aşama da nextflow, snakemake gibi standart iş akışı sistemlerini kullanmak olacaktır (tekerliği yeniden icat etmemek için).
Yine lisansta istatistik ve olasılık eğitimi verildiği için sıfırdan başlamadık ancak illa ki üstüne eklemek gerekiyor. Josh (Starmer)’un kanalı çok faydalı olacaktır.
Bana yetmez derseniz, şu şekilde kendiniz yürüteceğiniz bir eğitimin parçası olabilirsiniz (çoğu kaynak açık, kendi kendinizi eğitiyorsunuz).
Deneye yanıla öğrenirken bazı analizleri, Biostars topluluğu ve Stack overflow vardı bizim zamanımızda; şimdi ücretsiz ChatGPT versiyonu vs. bile epey işinize yarayacaktır. Deneyip görmek lazım. Pratikle olgunlaşıyor çoğu yetenek seti.
Proje bazlı ve bir mentör ile ilerlemek süreci hızlandırabilir. Bir topluluğun parçası olmak da motivasyonu korumak için güzel oluyor. Lokal olarak faaliyet gösteren ISCB-RSG-Türkiye ve Bioinforange gibi gruplar faydalı olabilir. Nitekim RSG-Turkey’in ara ara ücretsiz eğitimler verdiği oluyor, istifade etmenizi öneririm: https://github.com/rsgturkey .
Bioinformatics and Computational Biology (CompBio) dediğimiz alan, aslında zannettiğimizden çok daha geniş. Mesela benim hesaplamalı yapısal biyolojiye dair bilgi ve tecrübem neredeyse sıfır. Dolayısıyla buradaki kaynaklar farklılaşabilir.
CompBio genel olarak 4 ana gruptan oluşuyor benim için.
- Algoritma geliştirenler (algorithm developers)
- Araç geliştirenler (tool developers)
- Araç ve algoritmaları gerekli ölçüde değiştirip kullananlar (tool and algorithm as a package users)
- Araçları kullananlar (on/off-line tool only users)
İlk gruptakiler ileri seviye matematik ve istatistik konularına hakim olup bunu kodlama ile birleştirenler. Genelde Computer Science (CS) mezunu olup biyoloji bilgileri zayıf olur.
İkinci grup daha çok software engineers gibi olanlar. Biyoloji temelli algoritma ve analizleri, kolaylaştırılmış kullanıcı arayüzü ile birleştirip, son iki gruptakilerin hayatını kolaylaştıranlar. Zayıf bir biyoloji ancak ileri derece kodlama bilgisine sahiptirler. Yine CS mezunu ağırlıklı bir alan.
Yukarıda kaynak belirttiğim hedef grup ise aslında üçüncü grup. Kodlama ve algoritma bilgisi ilk iki gruptaki kadar iyi olmasa da güçlü bir biyoloji arkaplanı ile geliştirilen araçların en verimli şekilde kullanılıp yaşam bilimlerinde karşılığı olacak çalışmalara ön ayak olanlar. Genelde yaşam bilimleri ağırlıklı grup.
Son grup da belli başlı araçları kullanarak daha çok deneysel çalışmalara imza atanlar. Bu grubun büyük bölümü yaşam bilimleri.
Bu kadar keskin bir ayrım yok tüm bu gruplar arasında. Ancak, alanı tanımlarken basitleştirilmiş gruplandırmalar umuyorum ki ilk defa adım atacaklara nerden ve nasıl başlayabilecekleri konusunda bir fikir verecektir.
Kolaylıklar dilerim
